Codes ADN pour les protéines via codons. Un codon est une combinaison de trois nucléotides. Comme il y a 4 nucléotides différents disponibles dans l'ADN, il y a 64 permutations possibles. Ces 64 codons codent pour les 20 acides aminés et 3 codons stop. Par conséquent, de nombreux acides aminés sont codés par plusieurs codons différents - le code génétique est dit redondant.

Typiquement, les séquences d'ADN ont un seul cadre de lecture (mais voir la réponse de @ user3790338 pour une exception intéressante à cette règle). Le cadre de lecture est, fondamentalement, défini par le premier acide aminé de la protéine qu'il décode. Ensuite, chaque triplet suivant est un codon, de manière non chevauchante (123 - 456 - 789 - etc.). Notez que les séquences d'ADN contiennent des introns dits qui interviennent dans l'ADN codant. Ces régions sont éliminées après la transcription. Pour plus de clarté, je les ai ignorés dans ma réponse.

Cependant, il faut se rendre compte que ce codage de l'ADN n'est important que phsyiologiquement pendant la traduction, c'est-à-dire lorsque l'ARNm est traduit en protéine. C'est le ribosome qui lit réellement les codons et les codons d'arrêt pour déterminer quel acide aminé doit être incorporé dans la protéine en croissance et quand arrêter la traduction. Par conséquent, bien que nous lisions les séquences d'ADN en termes de codons, la machinerie cellulaire ne lit pas l'ADN, elle lit l'ARNm.

En supposant que la première position de codage est 1, l'ADN sera lu comme suit: (123) 456789 à 123 (456) 789 à 123456 (789). Il y a assez peu d'exceptions à cela, par exemple certains virus (par exemple http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1966841), où les cadres de lecture se chevauchent comme dans votre deuxième exemple. En effet, le génome viral est beaucoup plus petit et doit coder toutes ses protéines en aussi peu d'acide nucléique que possible. Notez que les cadres peuvent se chevaucher de plusieurs manières.