Je ne peux offrir qu'une réponse partielle sur les aspects théoriques . Je ne sais pas si vous connaissez les articles du milieu des années 90 d'Otto et al. ( Otto & Goldstein, 1992, Otto & Marks, 1996), mais ils sont tout à fait pertinents pour votre question. Ils traitent de «l'hypothèse de masquage» de la diploïdie, c'est-à-dire que les mutations délétères peuvent être masquées par des allèles «sains», et les compromis entre diploïdie (niveau de ploïdie), taux de recombinaison et purge des allèles délétères. Otto & Goldstein (1992) montre que la recombinaison est essentielle pour l’évolution de la diploïdie, et sans recombinaison, les haploïdes "gagneront" les diploïdes.
Otto & Marks (1996 ) est un article assez complet qui s'appuie sur le précédent et examine comment différents systèmes d'accouplement interagissent avec la recombinaison et la purge pour influencer l'évolution des niveaux de ploïdie. En général, ils prédisent une corrélation entre le système d'accouplement et le niveau de ploïdie, la reproduction sexuée favorisant la diploïdie tandis que la reproduction asexuée favorise l'haploïdie. Cependant, d'après ce que je peux voir après une relecture rapide, rien n'interdit aux espèces qui se reproduisent asexuellement d'être diploïdes (et vice-versa) - voir par ex. page 206 - et l'article comprend une condition qui doit être remplie pour que les diploïdes envahissent les populations qui se reproduisent de manière asexuée ou s'auto-reproduisent. Cependant, je n’ai pas suivi de près cette littérature, et j’imagine que la recherche d’articles récents qui citent Otto & Marks (1996) peut être utile pour trouver d’autres études pertinentes.
Vous devriez également considèrent que les niveaux de ploïdie peuvent différer entre les sexes (par exemple les abeilles), ce qui peut conduire à une sélection antagoniste qui peut influencer l'évolution de la ploïdie (voir par exemple Immler & Otto, 2014).
En ce qui concerne la partie preuves empiriques , je n'ai pas de bons exemples. Cependant, j'imagine qu'il peut être extrêmement difficile de prouver qu'une lignée ne s'est reproduite que de manière asexuée (ou jamais asexuée), car ces choses sont difficiles à suivre dans les fossiles. Considérez également qu'il est courant d'avoir à la fois des stades sexuels et asexués, et que de nombreuses espèces peuvent avoir un long stade diploïde asexué suivi d'un stade haploïde sexuel plus court. D'après ce que je sais, c'est la norme par exemple. algues (sans doute un groupe de taxons assez "basaux"). Cependant, je ne sais pas quel était l'état ancestral des algues (c'est-à-dire si elles sont devenues diploïdes avant d'avoir un stade sexuel).
Quant à l'état ancestral des eucaryotes, il semble y avoir des preuves que l'ancêtre l'état était en fait facultativement sexuel ( Dacks & Roger, 1999), ce qui invaliderait votre hypothèse . Cependant, cela n'est basé que sur quelques recherches documentaires rapides de ma part, et je ne suis en aucun cas un expert dans ce domaine. Il existe probablement également des études plus récentes sur ce sujet. Cependant, il est clair que vous ne pouvez pas supposer aveuglément que l'haploïde eucaryote est ancestral.