Question:
Quelle est la taille de trame optimale pour les méthodes de prédiction de la structure secondaire des protéines?
ablmf
2011-12-15 03:47:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Toute la question est

Quelle est la taille de trame optimale pour les méthodes de prédiction de la structure secondaire des protéines de deuxième et troisième génération? Justifiez votre réponse.

Je me souviens que cela a quelque chose à voir avec la longueur moyenne de l'hélice alpha. Plus précisément, 3 des deux côtés d'un site. Donc, au total, la longueur de l'image devrait être de 7. Mais je ne me souviens pas de la raison de l'argument.

Que pensez-vous?


D'après ce que mon professeur a dit en classe, la 2ème et 3ème génération de reconstruction de la structure secondaire des protéines repose sur des données statistiques de plusieurs résidus consécutifs. Je suppose que ce qu'il voulait dire par "taille de trame", c'est combien de résidus adjacents nous devrions prendre en compte dans l'algorithme.

Trois réponses:
#1
+11
Gergana Vandova
2011-12-15 03:57:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Par taille de trame, voulez-vous dire fenêtre coulissante?

Je sais que si vous voulez prédire une structure secondaire d'une protéine transmembranaire, alors la taille de votre fenêtre doit être de 20 acides aminés (c'est la moyenne longueur d'une hélice alpha transmembranaire traversant la membrane).

J'ai trouvé cet article de Chen, Kurgan et Ruan [1] .

Il dit essentiellement que la taille de la fenêtre dépend du type de motif que vous recherchez, mais en général, 19 résidus devraient être optimaux.

De plus, les prédicteurs de structure secondaire reposent sur de nombreuses fonctionnalités telles que l'hydrophobicité, les coordonnées manquantes dans les structures à rayons X, les facteurs B, les motifs, etc.


  1. Chen K, Kurgan L, Ruan J . 2006. Optimisation de la taille de la fenêtre coulissante pour la prédiction de la structure des protéines. CIBCB '06: 2006 IEEE Symposium on Computational Intelligence and Bioinformatics and Computational Biology, pp.1-7, 28-29, doi: 10.1109 / CIBCB.2006.330959.
C'est le problème de la biologie computationnelle - il est parfois difficile de trouver ce que signifie exactement un terme. Mais je pense que mon professeur a demandé une prédication générale de la structure secondaire des protéines, pas une protéine transmémébrane.
#2
+4
Larry_Parnell
2012-03-01 08:33:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

OK, donc 2 réponses, chacune concernant différents segments protéiques de différents types / fonctions / structures, mais pas une réponse qui va vraiment au cœur de la question. À cause de l'étiquette des devoirs, je suis tenté de ne pas répondre - c'est quelque chose que l'élève devrait accomplir seul. Donc, je vais donner une réponse générale pour commencer à réfléchir. Fondamentalement, une telle valeur - que ce soit 7 ou 20 pour les MT ou 13 - est déterminée empiriquement.

#3
+3
shigeta
2011-12-15 04:40:35 UTC
view on stackexchange narkive permalink

J'ai trouvé que 13 fonctionnait mieux pour les réseaux neuronaux et les performances SVM des informations de structure secondaire lorsque j'ai exécuté ceci dans R.

Une raison derrière cela?


Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
Loading...