Il y a eu quelques bonnes réponses ici, mais je pense que certaines informations pourraient être ajoutées.
Willi Hennig a introduit la systématique phylogénétique moderne, qui est parfois en conflit avec la taxonomie traditionnelle. utilisent les synapomorphies (traits dérivés partagés) comme preuve pour identifier la récence relative d'une ascendance commune au sein et entre les groupes.Cependant, de nombreux groupes, reptiles, poissons, invertébrés, etc., sont basés sur des symplesiomorphies (traits ancestraux partagés).
La question initiale posée ci-dessus peut être traitée avec le concept de groupe tige-couronne.
Compte tenu de la relation des taxons fossiles avec les taxons vivants, nous pouvons poser la question suivante: tous les taxons fossiles s'intègrent-ils dans des clades vivants?
Les crocodiles et les oiseaux sont un excellent exemple pour répondre à cette question: d'un point de vue cladistique, les membres de chacun des deux clades ont trois types de traits: symplesiomorphies (partagées ancestrales ), des synapomorphies (dérivées partagées), un d autapomorphies (traits uniques). Où ces traits apparaissent-ils sur un arbre phylogénétique?
Jetons un coup d'œil à un oiseau au bec très distinctif, le Shoebill (Wikipedia) :
Ceci peut être considéré comme un trait unique, donc une autapomorphie. Les plumes du bec de chaussure sont un trait qu'il partage avec d'autres oiseaux , donc une synapomorphie. primitivement partagée par tous les membres du clade d'intérêt, mais pas par les membres de son clade sœur. Ce sont des traits partagés mais relativement nouveaux: ces traits doivent être apparus plus bas dans le clade, mais pas en dessous de la division entre les deux clades soeurs.
Les symplesiomorphies sont des traits partagés par le clade soeur, voire des clades plus éloignés . Ces traits doivent être apparus plus profondément dans l'arbre.
Autre question: quel type d’organisme était le dernier ancêtre commun des oiseaux et des crocodiles? Était-ce un oiseau, un crocodile ou aucun des deux? Quels traits aurait-il?
Par définition de notre question, ces deux groupes (crocodiles et oiseaux) sont tous deux monophylétiques, donc l'un n'a pas donné lieu à l'autre. Il n'avait aucune des synapomorphies ou autapomorphies dans l'un ou l'autre clade, seulement leurs symplesiomorphies partagées, et ne se situait donc dans aucun des clades modernes.
Par définition, les organismes qui composent la lignée des oiseaux, apparaissant après la scission entre les clades de crocodiles et d'oiseaux, mais en dehors des oiseaux vivants, doit être éteinte. Nous appelons cela le groupe tige des oiseaux.
Le dernier ancêtre commun de tous les oiseaux vivants, ainsi que tous ses descendants forment le groupe couronne des oiseaux. Le groupe total d'oiseaux est le groupe de la couronne et le groupe de tige ensemble.
Les groupes de tige et de couronne sont hiérarchiques, et certains taxons de groupe de couronne ont disparu, par exemple le dodo. Le dodo appartient donc au groupe souche des pigeons et des colombes.
Par définition, tous les groupes souches sont paraphylétiques, car ils donnent naissance à leur groupe couronne. Tous les fossiles appartiennent à l'un ou l'autre groupe de souches.
La question initiale peut donc trouver une réponse appropriée: les dinosaures sont des oiseaux-souches et appartiennent au groupe total des oiseaux.