La raison pour laquelle les archées ont été déterminées si tardivement comme un royaume séparé (et seulement le troisième) ( 1977 selon cette référence) était que les archées ressemblaient souvent complètement à des eubactéries. Ils sont unicellulaires et n'ont pas d'organites et ont été regroupés de manière appropriée avec d'autres procaryotes en raison de leur morphologie et de leur physiologie cellulaire.

Mais dans les années 1970, la phylogénie est devenue basée sur la séquence d'ADN et d'ARN qui devenait de plus en plus disponible. Sur la base d'une simple comparaison des séquences de l'ARNr 18S de 13 champignons, bactéries et archées, Woese et Fox ont montré que les bactéries et les archées étaient à peu près aussi différentes des eucaryotes que des bactéries. (voir tableau 1).

Depuis, les différences entre les bactéries et les archées ont continué à être grandes. Le diagramme wikipedia ci-dessous n'est pas à l'échelle - la divergence des trois royaumes est si lointaine qu'ils précèdent entièrement l'émergence des eucaryotes. Mais vous pouvez voir que les champignons et autres eucaryotes ressemblent plus aux archées qu'aux bactéries.

D'ailleurs, l'idée que les archées sont des extrémophiles n'est pas entièrement vraie - elles sont à peu près exclusivement le seul royaume trouvé dans ces conditions, mais il a été constaté que les archées coexistent avec des bactéries et des eucaryotes à l'air libre mer et leur détection jusqu'à présent dans la plupart des environnements peuvent être uniquement dus au fait que les archées sont difficiles à cultiver en laboratoire.

Je viens de trouver cette rétrospective de Woese lui-même, décédé récemment.