Question:
Nomenclature des gènes et des protéines: N-Myc, c-Myc, et. Al
Osteoboon
2012-12-10 07:39:37 UTC
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Quelqu'un peut-il expliquer (ou me diriger vers une explication de) ce que signifient exactement tous les différents symboles que je vois utilisés pour écrire des gènes et des protéines?

Je pense que je sais que pour les gènes, nous utilisons une police italique et pour les protéines, nous utilisons une police régulière.

Je pense avoir aussi appris que pour l'homme, toutes les lettres sont en majuscules (par exemple SHH) alors que pour la souris, seule la première lettre est en majuscules et les lettres restantes sont en minuscules (Shh). (De http://en.wikipedia.org/wiki/Gene_nomenclature)

Mais je suis perplexe avec toutes les autres "balises" (entre guillemets parce que c'est comme ça qu'elles semblent à utiliser et je ne sais pas comment penser autrement) que je vois flotter autour des symboles de gènes et de protéines.

Par exemple, Myc (MYC?).

I voir ces trois articles sur uniprot.org:

http://www.uniprot.org/uniprot/Q99417 pour C-Myc

http://www.uniprot.org/uniprot/P04198 pour N-myc

http://www.uniprot.org/uniprot/P12524 pour L -Myc

Ces protéines sont toutes d'origine humaine, et pourtant leurs noms recommandés ne sont pas en majuscules; quoi de neuf avec ça? Mais encore plus déroutant pour moi sont les lettres «C-», «N-» et «L-» qui leur sont préfixées. Que diable sont-ils censés indiquer?

Ces protéines sont-elles toutes fondamentalement différentes (codées par des gènes différents), mais peuvent-être liées les unes aux autres (d'où les trois lettres communes, «myc» même si ils ne sont pas tous dans la même casse et pas tous en majuscules comme je pensais que c'était censé être le cas chez l'homme), et ils reçoivent juste ces balises «C-», «N-» et «L-» pour en distinguer une de l'autre? Une étiquette indique-t-elle un oncogène ou un proto-oncogène? Pourquoi est-ce que je vois parfois "c-Myc" et d'autres fois "C-Myc"? Le cas du "C-" veut-il dire quelque chose? Y a-t-il une sorte de clé ou de légende que je peux consulter pour obtenir des réponses à toutes ces questions? J'ai trouvé quelques explications dans le manuel Developmental Biology de Scott Gilbert, mais il ne me donne toujours pas toutes les réponses que je cherche ici

Je veux juste comprendre comment ces balises et symboles sont utilisés car il me semble que lorsque je lis des articles de recherche (dont j'ai lu beaucoup), ils sont utilisés par différents auteurs dans différents articles d'une manière qui pas cohérents les uns avec les autres. Soit ça, soit il me manque quelque chose de très basique, c'est pourquoi je demande ici.

Merci d'avance pour toute aide.

Deux réponses:
Alan Boyd
2012-12-10 13:56:19 UTC
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Il existe un ensemble utile de liens vers des directives de nomenclature pour tous les principaux systèmes génétiques sur cette page Wikipédia. Personnellement, je pense que le système Saccharomyces cerevisiae fonctionne le mieux: il parvient à couvrir les allèles dominants et récessifs d’un gène, le nom de la protéine, comment faire référence à un phénotype apparenté et l’utilisation d’un convention parallèle pour la désignation des ORF.

Malheureusement, il n'y a plus de retour en arrière - il existe de nombreux systèmes différents et il n'y a aucun espoir de les unifier. Lorsque cette pléthore de conventions de dénomination est combinée à la réticence de tant de scientifiques à s'en tenir aux directives, nous avons une recette pour une quasi-anarchie.

Edit - Sur le sujet spécifique de la nomenclature MYC:

Les préfixes v- et c- viennent des premiers jours de la recherche sur les oncogènes. Les oncogènes viraux tels que myc et src se sont avérés être apparentés (dérivés de?) Gènes similaires dans les cellules normales. Ainsi v- signifie viral et c- signifie cellulaire.

Cela peut être vu si vous parcourez les entrées HUGO pour les quatre membres de la famille MYC encodés dans le génome humain (extraits ci-dessous) . Ils ont tous un nom approuvé qui les renvoie à un oncogène viral trouvé dans le génome du virus de la myélocyomatose aviaire. C'était le membre fondateur de cette famille de gènes. Ainsi, c-myc a été le premier gène lié à myc trouvé dans le génome humain, et est celui qui est responsable du lymphome de Burkitt. Il est vrai, comme le dit @Leonardo, que dans les tumeurs, l'expression de ce gène myc dans les tissus lymphatiques change en raison de réarrangements chromosomiques, mais ce n'est pas l'origine de la désignation c-myc.

MYC
Symbole approuvé: MYC
Nom approuvé: homologue d'oncogène viral de myélocytomatose v-myc (aviaire)
Symboles précédents & Noms: "homologue d'oncogène viral de myélocytomatose aviaire v-myc"
Synonymes: bHLHe39, c-Myc
Localisation chromosomique: 8q24

MYCL1
Symbole approuvé: MYCL1
Nom approuvé: v-myc myelocytomatosis viral oncogene homologue 1, carcinome pulmonaire dérivé (aviaire)
Symboles précédents & Noms: MYCL, "v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homologue 1, cancer du poumon dérivé"
Synonymes : BHLHe38, "l-myc protein", LMYC, "myc-related gene from lung cancer", "oncogene lmyc"
Localisation chromosomique: 1p34.3

MYCL2
Symbole approuvé: MYCL2
Nom approuvé: v-myc myelocytomatosis viral oncogene homologue 2 (aviaire)
Symboles précédents & Noms: "v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homologue 2"
Synonymes: bHLHe38
Localisation chromosomique: Xq22- q28

MYCN
Symbole approuvé: MYCN
Nom approuvé: oncogène viral lié à la myélocytomatose v-myc, dérivé d'un neuroblastome (aviaire)
Symboles précédents Noms d'&: NMYC, "v-myc avian oncogène viral lié à la myélocytomatose, dérivé d'un neuroblastome "
Synonymes: bHLHe37, N-myc
Localisation chromosomique: 2p24.3

Merci. Les deux réponses m'aident beaucoup. Précédant l'initiale de virale (v-) ou cellulaire (c-). Je ne le savais pas non plus. Je regrette qu'il semble que je ne puisse pas accepter les deux réponses, mais merci à tous les deux.
user560
2012-12-10 09:03:47 UTC
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C'est une bonne question, et honnêtement, la nomenclature des gènes et de leurs protéines codées est quelque peu abusée dans la littérature scientifique. Par exemple, lorsqu'il s'agit de microbes (comme E. coli), les noms de gènes sont tous en minuscules (par exemple lacZ). Le problème des noms de protéines est aggravé lorsque le nom de la protéine est (souvent) une abréviation.

En ce qui concerne myc, il peut faire référence à la famille des protéines du facteur de transcription MYC (dont, c-Myc, L -myc et N-myc sont membres). Plus communément, myc fait référence à c-Myc, et est le nom donné à un segment de 10 acides aminés du proto-oncogène myc humain (EQKLISEEDL) et est un épitope commun ajouté à l'ADN recombinant pour fabriquer des protéines de fusion.

D'après ce que je me rappelle, l'initiale qui précède myc (dans ce cas) fait référence à la forme de cancer à laquelle la protéine myc est associée. Je sais que c-myc provient d'une mutation dans myc de type sauvage qui devient constitutivement exprimée. Wikipédia me dit que N-myc est un facteur de transcription myc associé au neuroblastome.

"quelque peu abusé"? Maintenant, ce n'est pas un euphémisme si jamais j'en ai vu un, choisissez simplement cinq noms de gènes de drosophile. J'ai même un oncle qui a nommé deux gènes d'après son chien!
J'étais poli. ;) De quels gènes s'agit-il?
[Phaedra1] (http://flybase.org/reports/FBgn0263234.html) et [Phaedra2] (http://flybase.org/reports/FBgn0263235.html). Oui, je sais qui est [Phaedra] (http://en.wikipedia.org/wiki/Phaedra_%28mythology%29) mais croyez-moi, les gènes ont été nommés d'après le chien.
Merci. Les deux réponses m'aident beaucoup. Précédant l'initiale du cancer associé, donc "N -" = neuroblastome. Je ne savais pas ça. Je ne connaissais pas non plus l'épitope EQKLISEEDL en tant que myc. Comment faire la distinction entre l'épitope myc et le gène myc alors (en dehors du contexte peut-être)?
Cette réponse est fausse, la réponse d'Alan ci-dessous aurait dû être acceptée ... Il y a plus d'informations dans [cet article de revue] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3436108/) par exemple


Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
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