Dendroscope

En utilisant Dendroscope, j'ai ouvert le fichier d'exemple fourni trees.new . Cela ouvre une nouvelle fenêtre contenant 16 arbres.

1. Cliquez sur les deux premiers arbres ( Tree1 et Tree2 ).
2. Choisissez Algorithmes $ \ rightarrow $ Tanglegram...
3. Cela calculera l'enchevêtrement et ouvrira une nouvelle fenêtre.

À ce stade, j'obtiens:

Il n'y a rien de spécial dans le fichier trees.new , seulement 16 arbres Newick. Il semble donc que tout ce dont vous avez besoin est d'avoir vos arbres dans le même fichier ou d'utiliser File $ \ rightarrow $ Add from file .

Je pense que la partie délicate est que vos arbres doivent avoir les mêmes étiquettes de conseils, afin de pouvoir être alignés de manière optimale. Ainsi, dans votre exemple, Phalacrocorax pygmaeus et Pectinopygus excornis doivent avoir été nommés de la même manière dans le fichier Nexus d'origine, puis modifiés pour produire la figure finale.

TreeMap 3

TreeMap nécessite une configuration préliminaire. Fondamentalement, vous créez un fichier Nexus manuellement. En utilisant le fichier 4taxonmatch des exemples, vous pouvez obtenir la mise en page de base. Vous avez un bloc HOST et un bloc PARASITE . Dans chacun d'eux se trouve un bloc TREE , qui contient l'arborescence au format Newick.

Le bloc RANGE à l'intérieur du code DISTRIBUTION > bloc contient la table de mappage. Ici p correspond à u , etc. C'est la connexion entre l'hôte et le parasite.

  #NEXUSBEGIN HOST; TREE * Host1 = (u, (v, (w, x))); ENDBLOCK; COMMENCER LE PARASITE; ARBRE * Para1 = (p, (q, (r, s))); ENDBLOCK; COMMENCER LA DISTRIBUTION; GAMME p: u, q: v, r: w, s: x; END;  

En revanche, vous obtenez directement l'arbre correctement étiqueté. Voir ci-dessous.

Je dois avouer que je ne connais rien à la phylogénétique et aux logiciels associés, mais d'après le résumé de cet article, il semble qu'ils aient utilisé BEAST pour cartographier la coalescence de co - des hôtes et des parasites en évolution.

De plus, cet article est probablement du plus grand intérêt pour vous car il compare l'efficacité de différents logiciels pour construire des enchevêtrements

Vous pouvez essayer le package R dendextend. La fonction tanglegram peut faire l'affaire. Plusieurs fonctions associées sont également disponibles pour obtenir des tracés avec des enchevêtrements minimum tels que untangle_step_rotate_2side .

Jane 4 (logiciel de réconciliation de cophylogénie) a une visionneuse enchevêtrement avec un éditeur interactif. ( https://www.cs.hmc.edu/~hadas/jane/)

Je recommande mesquite, avec lequel j'ai utilisé pour créer des arbres de phylogénie. Il y a quelques subtilités à son utilisation, mais il y a beaucoup de documentation sur sa page Web! https://www.mesquiteproject.org/