Question:
Comment réduire les effets de bord dans les expériences à haut débit basées sur des cellules?
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:32:47 UTC
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Dans les expériences à haut débit où les cellules sont cultivées, traitées, colorées et imagées dans des microplaques à 384 puits, je constate fréquemment des effets de bord importants. Par exemple, le graphique suivant montre le nombre de cellules (tel que mesuré par CellProfiler à partir d'images) pour chaque puits sur une telle plaque:

Example of edge effects

Comment puis-je réduire ces effets? Je peux essayer de les corriger statistiquement, mais ce serait tellement plus agréable de les réduire au stade du travail humide.

Un répondre:
#1
+12
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:42:57 UTC
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Lundholt et al. décrivent une astuce très simple: laisser les plaques s'installer dans l'air à température ambiante pendant quelques heures avant de les placer dans l'incubateur. Nous l'avons essayé, et bien que les échelles de couleurs soient différentes dans les graphiques suivants, il est facile de voir que cela aide vraiment:

Transferred directly to incubator Left out for 1 h Left out for 2 h

(Merci à Sigrun Gustafsdottir et Kate Madden pour avoir testé cela.)

J'ai vu des gens "tamponner" la plaque en utilisant uniquement les 308 puits intérieurs et en remplissant les 76 puits de bord avec seulement du liquide, mais je ne dispose d'aucune donnée sur la façon dont cela fonctionne.

Allison Tanner de Corning a rassemblé un recueil de techniques pour réduire l'apparition de modèles irréguliers d'adhésion cellulaire ou «d'effet de bord» dans les microplaques . Bref résumé:

  1. Évitez la formation de bulles dans le milieu lors de l'ensemencement des cellules.
  2. Utilisez des méthodes de récolte de cellules qui favorisent un mélange adéquat des cellules dans le milieu et une dissociation complète de la monocouche dans des cellules individuelles.
  3. Cellules de semence à une densité qui soutiendra l'attachement et la croissance.
  4. Permettre l'attachement des cellules dans un milieu de la formulation appropriée pour le type de cellule particulier. >
  5. Distribuer les cellules dans un volume approprié de milieu.
  6. Suivre des techniques aseptiques strictes conformément aux pratiques microbiologiques respectées.
  7. Les cultures doivent être régulièrement surveillées pour la contamination mycoplasmique.
  8. Réduisez au minimum l'entrée des incubateurs pour aider à réduire les fluctuations de l'environnement interne.
  9. Permettez aux cellules de se déposer dans les microplaques pendant que les microplaques sont sur la paillasse.
  10. Cultivez des cellules dans un environnement qui réduit la formation de charges électrostatiques.


Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
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