Question:
L'ADN et l'ARN peuvent-ils être considérés comme le langage de programmation de la nature?
elvarox
2015-02-18 18:48:16 UTC
view on stackexchange narkive permalink

La dernière frontière des sciences biologiques pourrait être considérée comme la compréhension des effets de la variation de l'ADN (et de l'ARN).

Si, après la fécondation, l'ADN du zygote pouvait être génétiquement modifié pour éviter des complications plus tard dans la vie de cet être humain, il pourrait devenir le médicament ultime.

De plus, nous savons que (chez l'homme) seulement 2% du génome code pour des gènes qui sont traduits en protéines; le reste est-il nécessaire pour fonctionner?

L'ARN d'& peut-il être considéré comme le modèle ultime de tous les organismes vivants?

Les réponses à votre question principale (la partie en gras à la fin) seront dans une large mesure "principalement basées sur l'opinion" (et spéculatives). La relation entre l'ADN / ARN et le fonctionnement de l'organisme est également un sujet très vaste. Je pense que vous devriez plutôt essayer de poser plusieurs questions restreintes.
Répondrez-vous à mon titre par oui ou par non?
"... tous les autres domaines de la biologie tournent autour du pot" - tsss ...
J'écrivais littéralement une réponse: / à mes yeux, il n'y a rien de basé sur l'opinion (bien que la question puisse être mieux formulée): la biologie moléculaire classique dit que l'ADN fait l'ARN fait la protéine. Bien que cela soit vrai, moins de 2% du génome est codant pour des protéines, le reste codant pour des régions régulatrices et des molécules d'ARN non codantes (souvent avec leurs propres fonctions importantes). Ainsi, alors qu'à certains égards, l'ADN pourrait être considéré comme le `` code '' des organismes, c'est beaucoup plus compliqué que cela: chaque cellule d'un organisme a la même génétique mais des phénotypes différents, donc clairement ...
... il y a plus au travail que simplement l'ADN. Ce domaine de régulation et de différenciation concerne l'épigénétique, qui sont des modifications de l'ADN ** qui ne changent pas la séquence génétique **, et qui sont dans une certaine mesure hertiables. Par conséquent, il est incorrect de dire que l'ADN seul fait un organisme, et il est incorrect de dire que d'autres domaines de la biologie ne font que tourner autour du pot - il y a beaucoup plus de facteurs en jeu que le simple code génétique.
Bonjour @a.aniq J'ai apporté quelques modifications à votre question, pour vous donner une idée de la façon dont une question pourrait être structurée (c'est-à-dire supprimer tout élément subjectif - signification clarifiée); mais il y a encore des hypothèses massives que vous avez faites et que j'ai laissées - si vous faites un peu de recherche pour clarifier votre propre compréhension et étayer certaines de vos hypothèses avec des sources, cette question peut être réouverte et l'un de nous peut vous fournir une réponse beaucoup plus détaillée :)
@Luke Vous vouliez répondre à cette question; convertiriez-vous vos commentaires en réponse?
"L'ADN et l'ARN peuvent-ils être considérés comme le langage de programmation de la nature?" Oui. C'est Turing complet.
Un répondre:
Luke
2015-03-04 19:35:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

On ne peut pas répondre à cette question par un simple oui / non, mais je dirais que l'analogie de l'ADN étant le «code» utilisé par les cellules est raisonnable, si elle est prise avec un certain nombre d'autres considérations.

Fonction ADN

Lorsque Watson et Crick ont ​​décrit pour la première fois la structure de l'ADN (étant une séquence double brin des nucléotides A denine, C ytosine, G uanine et T hymine) cela a conduit à ce que l'on appelle le dogme central de la biologie moléculaire [ 1], qui postule que l'ADN produit de l'ARN produit de la protéine (figure de [ 2], telle que produite à l'origine par Watson).

http://sandwalk.blogspot.co.uk/2007/01/central-dogma-of-molecular-biology.html

Comme vous le faites remarquer avec justesse, moins de 2% du génome codent des protéines, mais notre compréhension du reste du génome s’améliore de plus en plus grâce à des projets comme ENCODE [ 3], qui découvrent non seulement les régions «régulatrices» qui contrôlent l'expression des gènes codant pour les protéines, mais aussi la découverte d'ARN non codants, dont beaucoup sont totalement non caractérisés [ 4].

Le but de cette section est de clarifier que bien que seulement 2% du génome code pour les protéines, il est incorrect de dire le le reste est "indésirable" ou non fonctionnel. Le dogme central décrit ci-dessus est maintenant un modèle dépassé - certains ADN produisent certainement des protéines, mais pas tous; de nombreuses molécules d'ARN sont fonctionnelles en elles-mêmes.

Vous pourriez soutenir que les protéines et les molécules d'ARN non codantes sont le produit de «scripts» dans l'ADN qui sont exécutés ou exécutés par les cellules, bien que cela soit peu probable pour trouver des scientifiques génomiques parlant en ces termes.

Contrôle épigénétique

Là où l'analogie se décompose, c'est que toutes * les cellules d'un organisme ont le même génome, mais elles sont très différentes à une autre. Ces différences sont dues à des processus épigénétiques , qui sont décrits comme des modifications non codantes de l'ADN qui affectent l'expression des transcrits. Un aperçu de base est disponible ici [ 5].

Ces modifications se présentent sous plusieurs formes et comprennent:

  1. Méthylation de l'ADN
    • l'ajout d'un groupe méthyle aux nucléotides cytosine qui peuvent affecter la liaison des facteurs de transcription, etc.
  2. Modifications de l'histone
    • L'ADN est en fait une structure tridimensionnelle, et est enroulé autour de protéines appelées histones, qui s'enroulent pour former la chromatine et la structure chromosomique caractéristique .

La disponibilité de l'ADN aux facteurs de transcription dépend entièrement de ces modifications de l'ADN, qui sont spécifiques aux types de cellules individuelles et empêchent les cellules rétiniennes, pour exemple, l'expression d'enzymes hépatiques. (Ci-dessous la figure de [ 6])

http://www.eusem.com/main/CH/epi

Vue d'ensemble

En bref, la génétique et la séquence d'ADN peuvent certainement être considérée comme le modèle pour un organisme - les modifications apportées à cette séquence peuvent profondément affecter le phénotype - cependant il est trop simpliste d'imaginer que la séquence à elle seule fournit toutes les informations nécessaires.

Non seulement il y a beaucoup de non- codant les molécules essentielles au fonctionnement dans les cellules, il existe un contrôle exquis de l'expression par des modifications de l'ADN qui n'affectent pas la séquence des nucléotides et sont essentielles pour la différenciation cellulaire.

L'ENCODE (Encyclopédie des éléments d'ADN) [ 7] progresse dans l'interprétation des éléments non codants pour les protéines de l'ADN, mais il reste encore un long chemin à parcourir.


* pas tout à fait tous, par exemple les cellules B ont une région hypervariable pour enrichir les anticorps pour la variation [ 8]

  1. http: // www .ncbi.nlm.nih.gov / Classe / MLACourse / Modules / MolBioReview / central_dogma. html
  2. http://sandwalk.blogspot.co.uk/2007/01/central-dogma-of-molecular-biology.html
  3. Consortium du projet ENCODE, «Le projet ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements)», Science, vol. 306, pp. 636–640, 2004. PMID: 15499007
  4. http://www.nature.com/encode/threads/non-coding-rna-characterization
  5. http://www.whatisepigenetics.com / fundamentals /
  6. http://www.eusem.com/main/CH/epi
  7. http: // www.genome.gov/encode/
  8. http://www.anaptysbio.com/technology/somatic-hypermutation/
Une réponse assez complète :)
C'est une excellente réponse du côté de la biologie (ce qui est approprié car il s'agit d'un site de biologie), mais peut-être pourrait-on en dire plus du point de vue de la SC. En particulier, je pense qu'il est important de faire la distinction entre les mécanismes d'autorégulation de l'ADN (par exemple les boîtes TATA) et les langages de codage entièrement Turing-complets. Il y a une forte distinction, je pense, entre les mécanismes épigénétiques nécessaires dans les organismes et les capacités matérielles utilisées pour exécuter le code informatique, et c'est probablement plus clair une fois qu'il est reconnu que l'ADN est très différent des langages informatiques complets de Turing.
J'étais un peu occupé tous ces jours, et je n'imaginais même pas que ma question obtiendrait une réponse aussi élaborée. Merci d'avoir répondu à ma question.


Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
Loading...