Je pense qu'étant donné que vous ne faites que commencer avec la génétique, vous pouvez dire que les codons sont interchangeables. Ceci est généralement vrai, mais pas techniquement correct. Voici quelques raisons expliquant pourquoi c'est le cas, bien qu'il y en ait probablement d'autres:

• Des organismes spécifiques utilisent des codons spécifiques avec des fréquences différentes. Ceci est généralement lié à l'abondance d'ARNt dans la cellule. L'utilisation d'un codon pour lequel il y a relativement moins d'ARNt disponible devrait conduire à une diminution du taux de synthèse des protéines.
• L'utilisation de différents codons peut affecter la structure secondaire de l'ARNm, ce qui pourrait affecter l'expression.
• Certains codons, en particulier les codons d'arrêt, peuvent influencer la traduction contextuellement grâce à un processus appelé recodage. Cela peut inclure le décalage de cadre, les lectures, le clivage ou, peut-être le plus célèbre, le codage de l'acide aminé sélénocystéine et bien plus encore. Voir ici.
• Différents codons peuvent également influencer la traduction contextuellement via une pause. Cela affecte le taux de synthèse des protéines ainsi que son repliement. Voir ici.
• La modification des codons peut affecter les séquences de régulation telles que les sites de liaison des miARN. Bien que ceux-ci soient généralement présents dans les UTR, ils peuvent également se produire dans le CDS.

Une bonne réponse est déjà fournie par @canadianer, mais comme pour beaucoup de choses en biologie, il est important de garder à l'esprit de quel organisme et / ou type de cellule nous parlons. Parce que les nuances de la réponse à une question sur un processus apparemment universel dépendent parfois du fait que nous voulons en savoir plus sur les bactéries, les champignons, les cellules souches de mammifères, etc.

Donc, je pense que la réponse à votre La question est que les codons synonymes ne sont pas toujours interchangeables à cause de ce que @canadianer a décrit, mais la régulation de l'utilisation des codons est probablement plus pertinente dans le contexte des procaryotes.

Par exemple, il est certain que la disponibilité d'un ARNt synonyme particulier peut limiter le taux de synthèse des protéines chez les procaryotes, mais je n'ai en fait pas entendu parler de ce qui se passe dans un système eucaryote. S'il y a des exemples démontrés, veuillez le coller dans le commentaire.

De plus, la structure secondaire de la partie codante de l'ARNm est probablement moins importante chez les eucaryotes, car ils ont une multitude de protéines de liaison à l'ARN omniprésentes qui recouvrent pratiquement l'ARNm (par exemple hnRNP dans le noyau, et probablement quelque chose de similaire dans le cytoplasme, aussi)