Question:
Pourquoi était-il si difficile de décoder le génome du maïs?
Gabriel Fair
2011-12-24 11:52:25 UTC
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Mes professeurs en grandissant m'ont dit qu'il était impossible de décoder le génome du maïs. Mais pourtant, cela a été fait.

Pourquoi le décodage du génome était-il si important et qu'est-ce qui le rendait si difficile?

Si je me souviens bien: c'est énorme et a beaucoup de régions répétitives. Il est très difficile de séquencer avec précision les répétitions * de novo * avec une haute fidélité.
Deux réponses:
#1
+23
Damian Kao
2011-12-24 12:48:36 UTC
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La réponse courte est que le génome du maïs est volumineux et comporte une énorme quantité d'événements de duplication. Environ 80% du génome sont répétés. Il est difficile d'assembler des génomes avec une grande quantité de duplications parce que notre technologie de séquençage, pratiquement, au mieux peut donner environ 500 paires de bases. Déterminer l'ordre des régions dupliquées repose sur des séquences d'échafaudage ou un assemblage comparatif avec le génome du riz.

#2
+9
chkuo
2012-01-06 00:13:34 UTC
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Pourquoi le décodage du génome était-il si important? Parce que le décodage du génome nous donne une image complète de la constitution génétique d'un organisme.

Ce qui a rendu la tâche si difficile ? Les séquences répétitives mentionnées par d'autres personnes sont un problème majeur. Imagerie vous essayez de compléter un grand puzzle avec des millions de pièces. Chaque pièce représente un séquençage des lectures que nous obtenons de l'expérience. S'il y a des séquences répétitives dans le génome, fondamentalement les morceaux qui représentent ces régions seraient très similaires (voire entièrement identiques). Sans aucun doute, cela rendrait le puzzle très difficile à terminer. Pour donner une échelle, le génome du maïs est d'environ 2,3 milliards de paires de bases et chaque séquençage lit <1 000 paires de bases.



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