Question:
La structure des protéines peut-elle être déterminée par diffraction des rayons X sur une seule image?
Ultimate Gobblement
2012-02-14 01:54:23 UTC
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Je lis sur l'utilisation de la cristallographie aux rayons X pour déterminer la structure des protéines. Selon mon livre, les données sont collectées à 30-360 angles (en fonction de la symétrie de la protéine). Une illustration est donnée avec des anneaux concentriques étiquetés avec des distances - plus les points sont éloignés, plus la résolution est élevée.

L'image est-elle un composite (où l'angle du point du point du centre est équivalent à la angle de lecture) ou une image distincte est-elle prise à chaque angle? Y a-t-il d'autres raisons pour lesquelles plus d'images seraient nécessaires?

Merci.

Je ne peux pas répondre sur les détails, mais pour autant que je sache, ils prennent plusieurs images tout en changeant l'angle.
C'est vrai. Je me demandais si les images pouvaient être superposées d'une manière ou d'une autre, car ce n'était pas très clair pour moi.
Il n'est pas clair d'après ce que vous écrivez si vous êtes familiarisé avec le processus d'analyse de la diffraction des rayons X. Est-il clair pour vous que le diagramme de diffraction doit être analysé mathématiquement pour obtenir «l'image 3D» finale du cristal?
Je suis d'accord avec les réponses ci-dessous, il est préférable de collecter la diffraction de la lumière du cristal à plusieurs expositions dans la plage de 0 à 180 degrés.
Quatre réponses:
Nick T
2012-05-16 22:59:33 UTC
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Vous ne pouvez pas résoudre une structure avec une seule image, même avec une diffraction parfaite.

La raison pour laquelle vous avez besoin d'images sur une large bande d'angles est que le motif de diffraction est également en trois dimensions, dans -appelé "espace réciproque". Au minimum, une rotation de 180 ° du cristal est nécessaire pour balayer toute la sphère de l'espace réciproque avec le plan de détection, bien que la symétrie de la structure cristalline puisse réduire cela davantage (certaines de mes protéines ne nécessitaient que 90 °, je pense que les cellules unitaires hexagonales avec une symétrie 6 fois peut vivre avec 30 °). Parce que les cristaux sont des choses réelles (lire: non idéales, doublement pour les cristaux de protéines), le balayage est prolongé pour gagner en redondance.

shigeta
2012-02-14 03:24:09 UTC
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Pas en analysant une seule protéine. Il y a du travail avec les lasers à rayons X.

Vous devez prendre une image simultanée de millions de protéines et l'utiliser pour obtenir une structure. Ce n'est pas tout à fait aux heures de grande écoute. Les gens font également cela avec des faisceaux d'électrons dans les microscopes électroniques.

Ces méthodes reconstruiront des modèles 3D des molécules, parfois dans des états qui ne peuvent pas être obtenus par cristallographie. Des exemples sont la structure des nombreux complexes de pores nucléaires de mégadalton et la fibre f-actine. L'étude classique est le modèle 3D de la bactériorhodopsine, la première structure de protéine membranaire qui était à résolution moléculaire (c'était un échantillon cristallin cependant).

Alors qu'en principe, cela semble beaucoup plus simple - obtenez un échantillon pur de votre protéine, ou complexe et congelez-le et zappez-le avec un rayon X ou un faisceau d'électrons, c'est beaucoup plus de travail pour reconstruire l'image et peut prendre aussi longtemps ou plus longtemps qu'une structure radiographique. La résolution est également généralement mauvaise car le cristal renforcera la cohérence, c'est-à-dire que toutes les protéines sont alignées de la même manière et ont presque la même forme 3D dans un cristal.

Merci pour votre réponse. Je ne l'ai pas mentionné dans ma question, mais mon livre dit qu'un grand nombre de protéines cristallisées sont nécessaires et que la diffraction simultanée amplifie le signal. Ce que j'essayais de demander, c'est si un type de conformation de protéine cristallisée peut être déterminé à partir d'une seule image ou si de nombreuses images différentes devraient être produites pour chaque angle de rotation. D'après votre réponse, il semble que toutes les informations requises sont stockées sur une seule image - est-ce correct?
Je suis confus par votre réponse, qu'entendez-vous par «ce n'est pas tout à fait aux heures de grande écoute»? Les images microscopiques électroniques ne fournissent pas non plus la résolution que vous pouvez obtenir avec la cristallographie aux rayons X.
@MadScientist Je pense que l'implication est que les images superposées sont également utilisées dans EM pour reconstruire la structure. Le cas est un peu différent bien sûr puisque EM en général n’utilise pas de structures cristallisées de sorte que les protéines de l’image n’ont pas toutes la même orientation, ce qui est crucial.
CryoEM n'utilise pas non plus de faisceaux de rayons X.
Je pense que bien qu'ils travaillent très dur, le laser à rayons X et la reconstruction cryo EM ne donnent pas un ensemble de résultats aussi cohérent que la cristallographie. lorsque les protéines se trouvent juste sur une surface, leur forme peut être déformée, et ainsi la recombinaison des images peut être difficile à interpréter.
Le commentaire du scientifique @Mad a commencé à durer longtemps, réponse modifiée.
bobthejoe
2012-02-15 12:45:40 UTC
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Probablement pas. Bien que l'on puisse obtenir d'excellentes données de diffraction à partir d'un cristal de haute qualité, il serait extrêmement difficile de résoudre le problème de phase. Les angles supplémentaires aideront à contraindre les solutions.

Karsten Theis
2019-07-02 16:39:00 UTC
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La structure des protéines peut-elle être déterminée par diffraction des rayons X dans une seule image?

Oui. En utilisant une technique appelée diffraction de Laue, il est possible d'obtenir suffisamment de données à partir d'une seule image pour résoudre une structure cristalline de protéine. Un exemple est l ' étude en temps résolu de la carbonmonoxymyoglobine dissociée par photolyse (DOI: 10.1107 / S090904959501661X). Ce n'est pas la technique standard à une seule longueur d'onde qui est habituellement utilisée, mais utilise des rayons X «blancs» avec une gamme de longueurs d'onde disponibles uniquement aux faisceaux synchrotron. Par exemple, la fonction utilisateur BioCARS fournit une infrastructure pour la cristallographie à résolution temporelle. Il est également utilisé dans la «diffraction avant destruction» lorsque l'on travaille avec des lasers à électrons libres, voir par exemple Nature Methods 8, page 283 (2011).

Le reste de la réponse concerne la cristallographie conventionnelle à une seule longueur d'onde.

L'image est-elle un composite (où l'angle du point du point à partir du centre est équivalent à l'angle de la lecture) ou est une image séparée prise à chaque angle

Les informations structurelles souhaitées (densité d'électrons 3D dans l'espace réel) sont une transformée de Fourier des données de diffraction (espace réciproque 3D). Le mot "image" est un jargon pour une seule image de diffraction, c'est-à-dire les taches de diffraction que vous observez lorsque vous pointez un faisceau de rayons X sur un cristal dans une certaine orientation. En utilisant une orientation différente, vous obtenez plus de données (et mesurez également certains points plusieurs fois).

Y a-t-il d'autres raisons pour lesquelles plus d'images seraient nécessaires?

Plus les images de diffraction sont collectées, plus l'exhaustivité et la redondance des données sont élevées. L'exhaustivité fait référence au fait d'avoir mesuré chaque point de diffraction au moins une fois. La redondance fait référence à la fréquence moyenne de mesure d'un point, et l'augmentation de la redondance augmente la qualité de la mesure grâce à la moyenne.

J'accepte que cela répond à la question spécifique "Est-ce possible?", Mais c'était plutôt une preuve de concept. Savez-vous si cela a été adopté dans une certaine mesure - trouvé une utilisation dans des circonstances où il n'a pas été possible d'obtenir plus d'images? Aussi, pourriez-vous citer la référence originale. Researchgate n'est pas un journal.
Ceci est utilisé en routine en cristallographie résolue en temps et en "diffraction avant destruction" lors du travail avec des lasers à électrons libres XFEL, Nature Methods 8, page 283 (2011)
Merci. Vous devriez ajouter ceci à votre réponse et je vais la voter. Malheureusement, cette liste est dominée par ce que j'appelle des biologistes «animaux à fourrure». Il n'y a rien de mal à cela, je suppose, mais l'effort consacré à des réponses scientifiques factuelles est rarement récompensé en points Brownie.
@David Oui, je venais de StackExchange Chemistry. Il y a des questions en biochimie qui pourraient aller dans les deux sens, tout comme il y a des questions qui correspondent à la physique ou à la chimie, mais qui obtiendront un type de réponse différent (ou aucune). Non pas qu'il y ait quelque chose qui cloche dans la biologie des organismes.
Tant qu'une quantité suffisante de l'espace réciproque a été collectée, cela est bien sûr possible. Comment le problème de phase est géré lors de la diffraction de Laue, je ne sais tout simplement pas, mais je suppose que le remplacement moléculaire ou les phases expérimentales peuvent être utilisés?
@JeppeNielsen Souvent, la structure est résolue par différence de Fourier, c'est-à-dire que la plupart de la cellule unitaire est identique à une structure connue, à l'exception des changements dans le site de liaison du ligand. Avec les lasers à électrons libres, on pourrait en principe construire un détecteur sensible à la phase et mesurer directement les phases.
@KarstenTheis, ce que vous appelez la différence de Fourier équivaut au phasage de remplacement moléculaire. Je ne sais pas comment on créerait un détecteur sensible à la phase pour un laser à électrons libres de rayons X (XFEL) quand on ne peut pas le faire pour des rayons X basés sur un synchrotron. La principale différence entre les deux sources de lumière est le flux maximal de photons et la durée de l'impulsion. Savez-vous que les électrons sont séparés des rayons X avant l'expérience de diffraction, vous devez donc déterminer à la fois la phase et l'intensité des rayons X diffractés, et non les électrons chargés.
@JeppeNielsen Le remplacement moléculaire nécessite une recherche de rotation et de traduction, souvent avec les méthodes de Patterson. Une fois que l'orientation des molécules dans la structure inconnue est connue, des méthodes de différence de Fourier sont utilisées pour ajuster le modèle.
@JeppeNielsen La différence entre XFEL et le rayonnement synchrotron est, pour autant que je sache, que XFEL est cohérent (tous de la même phase) et que le rayonnement synchrotron ne l'est pas (plusieurs électrons s'additionnant pour créer les rayons X, non cohérents).


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