Question:
Quels sont les facteurs limitants de la longueur des introns?
Michael Kuhn
2011-12-15 14:36:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Pour prédire les gènes d'un génome séquencé, vous devez définir une longueur maximale d'intron. Combien de temps les introns peuvent-ils pénétrer dans les animaux? Y a-t-il une limite?

Je ne connais pas la longueur maximale, mais je suppose que pour la taille minimale, les propriétés mécaniques de l'ADN sont les facteurs limitants. Sous une certaine taille, l'ADN est tout simplement trop rigide pour former les boucles nécessaires lors de l'épissage.
Deux réponses:
#1
+8
KAM
2011-12-22 23:33:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Je pense que les valeurs ci-dessus (500-750 ko) sont fausses. http://www.bioinfo.de/isb/2004040032/ montre que la plupart des introns pèsent moins d’environ 10 ko (et l’expérience personnelle de Drosophila confirme que - je rarement vu un intron plus grand qu'environ 5 kb). Il y en a de très gros, mais comme il est presque impossible de détecter la réaction d'épissage, en particulier s'ils sont très grands, il n'est pas clair s'ils sont épissés en un seul gros intron ou s'ils sont plutôt épissés récursivement (en petites étapes, comme dans http://www.genetics.org/content/170/2/661.full.pdf+html). Je pense qu'il est prudent de dire que nous ne savons pas combien de temps peuvent durer les plus gros introns.

#2
+6
GWW
2011-12-16 13:38:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Si vous examinez le génome humain, ~ 99% des introns ont moins de 500 ko. Je suppose qu'une limite entre 250 kb et 500 kb est raisonnable pour la prédiction génétique. Vous pouvez prédire incorrectement la structure appropriée d'un petit nombre de gènes qui ont ces très gros introns, mais cela devrait être un petit nombre. En outre, les aligneurs de séquence les plus courants ont tendance à fixer une limite de longueur d'intron entre 500 kb et 750 kb.

N'oubliez pas que vous pouvez augmenter le nombre de faux introns positifs que vous détectez si vous définissez cette limite sur élevée. Par conséquent, il peut être intéressant d'essayer quelques paramètres et d'évaluer les résultats.

EDIT:

Je suppose que les plus gros introns sont contraints chez les mammifères pour deux raisons

  • Ils sont plus difficiles à exciser correctement pour le spliceosome. Le spliceosome peut avoir un assemblage réduit au niveau des sites d'épissage 5 '/ 3' appropriés et du site de point de ramification. Il y a également une plus grande chance qu'il y ait des sites d'épissure cryptiques / leurres dans l'intron.
  • Ils augmentent le temps de transcription du gène


  • Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
    Loading...