Question:
La signification des données RNA-seq
stackunderflow
2015-03-08 02:50:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

De nombreux articles que j'ai lus mentionnaient des "données RNA-seq". En cherchant le sens de ce mot, je n'ai trouvé aucune définition profane.

Pour autant que je sache, les données ARN-seq sont les informations ARN complètes dans une cellule (ou toutes les cellules) d'une espèce qui est extraite à un certain moment.

Suis-je correct avec cette définition? Si oui, cela signifie-t-il qu'en extrayant toutes les informations d'ARN, on connaît toutes les séquences d'ARN de cette espèce (comme AUGGUCAUCAG ....)? Ou cela signifie-t-il que j'ai l'ARN, mais pas la séquence?

@terdon pourriez-vous l'expliquer si c'est possible?
Deux réponses:
Michael Andrew Bentley
2015-03-09 19:24:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Les données RNA-seq fournissent généralement un instantané dans le temps du transcriptome de ce qui est séquencé. Le séquençage monocellulaire est possible, mais moins courant que l'ARN-seq sur un échantillon (contenant de nombreuses cellules).

Vous avez raison de dire que RNA-seq fournit une connaissance des séquences d'ARN, comme AUGGUCAUCAG et ainsi de suite. Cependant, on n’aura pas nécessairement d’informations sur toutes les séquences d’ARN possibles d’une espèce particulière. L'exécution de RNA-seq sur le même type de cellule d'une espèce à deux moments différents, ou deux types de cellules différents au même moment, peut entraîner des profils différents pour les séquences d'ARN que vous récupérez. Cela dépend des parties du génome qui sont exprimées par les cellules d'un échantillon au moment de l'extraction de l'ARN.

Les données que l'on récupère du séquençage d'ARN dépendent de la technologie et de l'entreprise utilisées. En règle générale, RNA-seq implique l'utilisation d'une étape de transcription inverse afin que les données de séquence que vous récupérez soient réellement rapportées comme la version d'ADNc de vos transcriptions d'ARNm d'origine. Habituellement, on obtient un (très gros) fichier de «lectures» de séquençage. On peut alors les «assembler» directement pour former un instantané du transcriptome ou on peut les mapper à un génome de référence connu. L'un des principaux avantages de RNA-seq est que nous apprenons non seulement quelles sont les séquences des molécules d'ARN, mais aussi leurs abondances relatives dans l'échantillon. La connaissance de ceci peut être particulièrement utile pour tester ou développer une large gamme d'hypothèses biologiques.

+1, être capable de connaître les abondances relatives d'ARN est une caractéristique importante
March Ho
2015-03-08 12:38:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Le séquençage de l'ARN se produit lorsque vous effectuez une extraction d'ARN et que vous les séquencez, ce qui implique généralement de les fragmenter.

Vous connaissez en fait toutes les séquences de toutes les molécules d'ARN qui sont séquencées. Je ne vois pas d'interprétation qui n'entraîne pas que vous ayez les séquences des molécules, ce qui s'appelle «séquençage» et tout.

on commence à connaître la séquence de l'ARN après le séquençage, non?
Oui, vous ne connaîtrez la séquence de l'ARN qu'après séquençage. Avant le séquençage, vous saurez seulement qu'il s'agit de fragments d'ARN.


Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
Loading...