Quels sont les outils couramment utilisés pour reconstruire les circuits de régulation transcriptionnels qui régissent diverses réponses cellulaires et quels ensembles de données d'entrée acceptent-ils?
La déduction des réseaux transcriptionnels / réglementaires à partir de données empiriques est un domaine de recherche actif, et à ma connaissance il n'y a pas beaucoup d'outils matures pour ce type d'analyse. Je vois principalement des mathématiciens, des statisticiens et des ingénieurs travailler sur ce problème, probablement à cause de l'intense théorie quantitative impliquée. Même s'il existe des outils matures existent , je doute qu'ils soient conçus pour le biologiste typique - plus probablement, ils s'adressent à des scientifiques ayant une expérience plus quantitative.
Cela étant dit , Je connais 2 ou 3 logiciels qui peuvent fournir un point de départ pour les curieux ou les aventuriers: AIRnet (décrit ici), iBioSim (décrit par la thèse de doctorat de Barker, actuellement le deuxième succès de cette recherche Google), et peut-être Ingenuity Pathways Analysis (qui nécessite une licence payante). Le seul de ces outils que j'ai même essayé d'utiliser est iBioSim, et à l'époque (il y a environ 2 ans) c'était un processus très compliqué.
Je voudrais ajouter regulonDB qui n'est pas aussi intégré, mais qui a une formidable carte du regulome e coli qui serait utile pour tout modèle bactérien.
Je suis d'accord avec @DanielStandage pour dire que ce n'est pas bien compris et qu'il ne semble même pas y avoir de représentations standard pour ce type de données.