Gergana Vandova
2011-12-23 10:27:46 UTC
Je me demandais combien de protéines humaines ont une structure 3D résolue. Existe-t-il une base de données contenant uniquement des protéines humaines? J'ai regardé pdb mais je n'ai pas trouvé de filtre.
Je pense que vous allez avoir beaucoup de problèmes de redondance, surtout si vous voulez connaître le nombre de protéines uniques.
@GWW Je suppose qu'écrire un petit script peut éliminer la redondance.
Vous aurez peut-être plus de chance de poser cette question sur [biostar] (http://biostar.stackexchange.com).
Notez que «résolu» est très subjectif. Toutes les structures ne sont pas de haute qualité et certaines d'entre elles sont tout simplement incorrectes en raison d'erreurs expérimentales.
C'est une question très sujet pour deux raisons: La banque de données sur les protéines accepte la RMN et les structures cristallines de protéines qui offrent différents degrés de résolution et de précision. Ces structures sont également quelque peu subjectives car la protéine peut adopter différentes conformations en fonction de son contexte biologique pertinent. Troisièmement, les extractions au solvant peuvent imposer une structure erronée.
beaucoup de ces protéines n'ont qu'un domaine ou deux résolus en tant que structures. les protéines animales sont difficiles de cette façon. c'est là que cette question devient un peu difficile à mon humble avis.